Durante la época colonial, el Palacio de la Inquisición fue escenario de múltiples interrogatorios a supuestos herejes, que eran sometidos a abominables tormentos. A un lado se encontraba la cárcel de la perpetua, la cual dio nombre a su calle (Hoy República de Venezuela).
Se construyó en 1736 a pocos metros de la iglesia de Santo Domingo. Las obras estuvieron a cargo de Pedro de Arrieta, quien diseñó un soberbio edificio de dos cuerpos con una imponente y singular portada.
En la actualidad es un museo que muestra la Historia de la Medicina en México. Está localizado en el cruce de las calles República de Brasil con República de Venezuela.
